Die Begleitvegetation eines Gewässers ändert sich von der Quelle bis zur Mündung deutlich. Sind es am Oberlauf noch von der Fichte dominierte Waldbestände, vereinzelt von Bergahorn und Esche durchsetzt, so wechseln im weiteren Verlauf Bruchwälder aus Schwarzerle, Grauerle und verschiedene Weidenarten mit extensiv bewirtschafteten, landwirtschaftlichen Feuchtwiesen ab, auf den Ried- und Sauergräser und vereinzelt seltene Orchideen wachsen.

In intakten Ufer- und Auebereichen begleiten auch Hochstaudenfluren mit Arten wie Mädesüß, Pestwurz und Sumpfschwertlilie die Fliessgewässer. Die natürliche Vegetation wurde oft durch reine Fichtenaufforstung verdrängt. Die Fichten unterliegen in den Talbereichen aber häufiger Windwürfen und neigen vor allem in der ersten Bestandsgeneration im Alter von etwa 60 Jahren zu erhöhter Rotfäule. Der Uferwuchs aus Erlen und Weiden hat eine vielfältige Bedeutung für das Gewässerökosystem. Es beschattet das Gewässer, bietet Tieren Schutz, Nahrung und Unterstand und sichert das Ufer gegen Ausschwemmung. Erlen können mit Hilfe von Bakterien Stickstoff in ihren Wurzeln sammeln und direkt verwenden. Sie entziehen den Gewässern Nährstoffe und tragen damit zur Gewässerreinhaltung bei. Weiden sind Pionierbäume, die nur geringe Standortansprüche stellen und lichtbedürftige Rohbodensiedler sind. Speziell im Bayerischen Wald sind vor allem Bruch- und Silberweiden typisch an Gewässern. Gerade deshalb sollten wir Angler uns dazu verpflichtet fühlen, bei der Ausübung unseres Hobbys nicht nur den Fischbestand in unseren Gewässern hegen und pflegen, sondern auch die dazugehörenden Grundsteine die das Leben unter Wasser erst ermöglichen, im Auge zu behalten.